Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan bentuk kesulitanbelajar membaca al-Quran yang dialami peserta didik dalam mata pelajaran PAI di SMP Emeyodere Berbasis Pesantren (SBP) Kota Sorong. Kemudian mendeskripsikan Faktor-faktor yangmenyebabkan kesulitan peserta didik membaca al-Qur‟an pada mata pelajaran PAI di SMP Emeyodere Berbasis Pesantren (SBP) Kota Sorong. Serta mendeskripsikan upaya guru PAI dalam mengatasikesulitan peserta didik membaca al-Qur‟an pada mata pelajaran PAI di SMP Emeyodere Berbasis Pesantren (SBP) Kota Sorong.
Penelitian ini adalah penelitian lapangan (field research) dengan jenis penelitian kualitatif. Penelitian ini menggunakan pendekatan fenomenologis sebagaipendekatan utama dan dibantu dengan pendekatan keilmuan yaitu pendekatanpedagogis dan psikologis. Sumber data dalam penelitian ini adalah kepala sekolah,guru PAI dan peserta didik sebagai sumber data primer dan dokumen-dokumensebagai sumber data sekunder. Pengambilan data dilakukan dengan observasi, wawancara, dan dokumentasi. Data tersebut diolah dandianalisis melalui tiga tahap, yaitu reduksi data, penyajian data, dan penarikankesimpulan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa gambaran kesulitan membaca al- Qur‟an pada peserta didik muslim papua di SMP Emeyodere Kota Sorong antara lain kesulitan dalam penyebutan huruf sesuai makhrijul huruf, kesulitan dalam menyambung huruf ke huruf yang lain, dan kesulitan membaca al-Qur‟an sesuai tajwid, faktor-faktor yang menyebabkan kesulitan membaca al-Qur‟an pada peserta didik muslim papua di SMP Emeyodere Kota Sorong antara lain:Faktor internal seperti rendahnya semangat peserta didik dalam membaca al-Qur‟an, dan kelelahan, dan faktor eksternal seperti pendidikan keluarga, faktor sarana dan prasarana sekolah, latar belakang sekolah menengah pertama peserta didik yang berbeda, dan lingkungan yang kurang baik, serta upaya guru PAI dalam mengatasi kesulitan membaca al-Qur‟an pada peserta didik muslim papua di SMP Emeyodere Kota Sorong antara lain membangun komunikasi antara guru PAI,wali kelas dan orang tua peserta didik, upaya yang dilakukan Guru PAI dalam mengatasi kesulitan belajar dengan mengaktifkan kegiatan ekstrakurikuler Remus kepada teman-teman sebayanya, dan mengadakan literasi al-Qur‟an setiap hari Jum‟at.